漁業資源調查中eDNA的采樣設備選擇及PCR分析

一：eDNA采樣硬件選擇  

      在魚類資源調查中，國際上普遍認可的專業采樣設備為美國Smith公司生產的多通道水體基因采樣器或便攜式eDNA采樣器。

可參閱文獻：

eDNA Sampler: A fully integrated environmental DNAsampling system

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                              多通道水體基因采樣器

                               便攜式eDNA采樣器

設備優勢

1、可記錄采樣點流速、GPS、溫度等信息

2、內置計算機，可導出采樣日志、為每個樣品標注采樣編碼

3、采樣飽和后具有震動反饋功能，可設置定量采水

4、具備遠程藍牙遙控采水功能

5、可進行多通道的同步采樣

6、自封濾膜（技術）：采用合成樹脂材料自動對樣本進行脫水處理，使DNA信息能在室溫下保存90天不降解（傳統采樣方式需要對樣品進行乙醇加注、冷凍、防腐等措施，費時費力，往往會在采樣點浪費大量時間）

①降低污染——傳統樣品處理方式需要現場對樣品進行防腐處理，會增加污染可能。

②提高DNA含量——與傳統使用乙醇相比，檢測到的DNA含量是其2倍。

③提高效率——現場無需準備乙醇及緩慢的過濾工作，無需準備冷凍措施低溫保存樣品，即便是沒有相關從業經驗的人員即可快速上手實現標準化的采樣工作。

設備標配自封濾膜套裝self-preserving packs——封裝后即可郵寄至我司合作實驗室分析

二：樣品(q)PCR分析并出具報告

       樣品分析由上海蔚雨科技有限公司合作實驗室進行分析，用戶所使用的濾膜必須為廠家提供的自封式濾膜，郵寄至廠商接收點(常溫、無需使用乙醇等固定液)，2周內即可獲取結題報告。

自封式濾膜可參閱文獻：

A self‐preserving, partially biodegradable eDNA filter

1、流程

環境DNA提取——設計合成引物接頭——PCR擴增產物純化——PCR產物定量均一化——測序文庫構建——高通量測序——生成報告

2、樣品報告包括但不限于：